马君祥为后人铭记的贡献，是主持绘制了永乐宫三清殿的壁画《朝元图》。根据殿内题记，这项宏大的工程完成于泰定二年（1325年）。他率领着一个规模可观的画工班子，承担了三清殿正殿前面七间、东山四间及殿内斗心东面一半的绘制工作。壁画内容浩繁，共描绘了394身神祇，铁皮保温施工主像高达3米，气势恢宏，阵容壮丽，是元代道教壁画的巅峰之作。
